Pour travailler de manière reproductible, il est nécessaire de connaître des méthodes efficaces ainsi que des outils, d'autant plus lorsque l'on travaille avec de gros volumes de données et des calculs complexes. Avec le nouveau MOOC "Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data" vous devriez avoir toutes les cartes en main… Lire la suite Un nouveau MOOC sur la recherche reproductible pour améliorer vos pratiques de gestion de données massives et de calculs
Étiquette : Reproductibilité
Comment choisir une forme de publication permettant de rendre sa recherche plus transparente et reproductible ?
Lorsque l'on publie un article de recherche "classique", on raconte une jolie histoire, qui comprend généralement uniquement des résultats positifs et ne présente qu'une petite partie du travail effectué. Si l'on regarde la partie immergée de l'iceberg, on y trouve des tentatives, des échecs, des données, des codes, des calculs, des analyses, des résultats négatifs...… Lire la suite Comment choisir une forme de publication permettant de rendre sa recherche plus transparente et reproductible ?
Les Lab Protocols
Un Lab Protocol, également appelé Laboratory Protocol ou Method Article, est une publication scientifique qui détaille pas à pas la méthodologie utilisée lors d'un travail de recherche, généralement dans le domaine des sciences de la vie. Le Lab Protocol fournit des instructions détaillées pour la réalisation des expériences et procédures expérimentales : étapes à suivre,… Lire la suite Les Lab Protocols
Comment publier un article exécutable ?
Nous vous expliquions précédemment ce qu'est un article exécutable, cette publication interactive qui combine texte, données et code. Mais comment faire pour publier ce type d'article ? Avant toute chose, il faut bien noter que ce type de publication est uniquement adapté à la recherche qui s'appuie sur du code informatique. Si vous êtes dans… Lire la suite Comment publier un article exécutable ?
Les documents computationnels ou notebooks
Inclure du code informatique dans sa démarche scientifique est désormais le quotidien d'un grand nombre de chercheurs. Les documents computationnels (ou notebooks) qui permettent d’intégrer dans un même document du texte, du code et des résultats, ont donc gagné en popularité. Zoom sur ces documents qui permettent une recherche plus transparente et plus reproductible. Les… Lire la suite Les documents computationnels ou notebooks
La revue Nature adopte un nouveau format de publication : les Registered Reports
Dans un éditorial publié le 22 février dernier, la revue Nature annonce qu'elle publiera désormais des Registered Reports (RR), un nouveau format de publication dont nous vous parlions ici et ici. L'éditorial explique cette décision : "En partie pour tenter de réduire les biais de publication, c'est-à-dire la tendance du système de recherche (...) à… Lire la suite La revue Nature adopte un nouveau format de publication : les Registered Reports
Reproductibilité de la recherche : participez au workshop à l’Institut Pasteur les 8 et 9 mars prochains
L'Institut Pasteur accueille les 8 et 9 mars prochains un workshop dédié à la problématique de la reproductibilité en recherche. Ce workshop a deux objectifs : Dresser un état des lieux de la reproductibilité en France, en rassemblant des scientifiques de disciplines différentes qui aborderont différentes définitions de la reproductibilité : reproductibilité observationnelle, computationnelle, expérimentale… Lire la suite Reproductibilité de la recherche : participez au workshop à l’Institut Pasteur les 8 et 9 mars prochains
Comment publier un Registered Report ?
Il y a quelques mois nous vous parlions des Registered Reports (RR) comme un moyen de réduire les biais de publication et améliorer la qualité et la reproductibilité des études. Mais comment faire concrètement pour en publier un ? 1) Trouver une revue qui publie des Registered Reports Aujourd'hui, plus de 300 journaux proposent de… Lire la suite Comment publier un Registered Report ?
Le cahier de laboratoire électronique, un outil au service de la science reproductible
Le cahier de laboratoire électronique (ou ELN pour Electronic Lab Notebook) est un journal de bord utilisé pour détailler au quotidien les activités de recherche : description des protocoles, des expériences, des résultats obtenus... Il permet donc de garantir la traçabilité et la reproductibilité des données et des résultats de recherche. De plus, il s'agit… Lire la suite Le cahier de laboratoire électronique, un outil au service de la science reproductible
Les articles exécutables
Qui n'a jamais eu envie de modifier un graphique dans une publication (pour changer d'échelle, enlever une variable...) ou d'accéder aux données brutes et au code qui ont permis de créer ce graphique ? C'est désormais possible avec les articles exécutables (Executable Research Articles ou Executable papers). Dans ce nouveau format de publication, la publication… Lire la suite Les articles exécutables