Le cahier de laboratoire électronique (ou ELN pour Electronic Lab Notebook) est un journal de bord utilisé pour détailler au quotidien les activités de recherche : description des protocoles, des expériences, des résultats obtenus… Il permet donc de garantir la traçabilité et la reproductibilité des données et des résultats de recherche. De plus, il s’agit d’un outil juridique permettant d’établir la preuve (preuve de l’invention pour le dépôt de brevet, preuve en cas de litige pour une publication scientifique…).
L’ELN est bien plus qu’un équivalent dématérialisé du cahier papier. Il permet notamment :
- La collaboration au sein d’une équipe/d’un projet : via la gestion des droits de lecture/écriture sur les expériences, la création de protocoles partagés…
- Une meilleure traçabilité du contenu : via l’horodatage, la signature électronique, la possibilité de rendre certaines informations obligatoires pour la description des expériences…
- Une automatisation de certaines tâches : possibilité de dupliquer des expériences, d’automatiser des calculs…
- Des connexions avec d’autres outils (par exemple un système de gestion de l’information du laboratoire, pour la gestion des inventaires et des équipements).
- Des liens vers les données de recherche au format numérique, stockées dans ou en dehors de l’ELN.
- Une recherche d’information facilitée : via un moteur de recherche intégré, la possibilité d’ajouter des métadonnées descriptives, des tags, etc.
Il existe de nombreuses solutions de cahier de laboratoire électronique, certaines sont open source, d’autres sont propriétaires. Pour avoir un aperçu des fonctionnalités et des spécificités de 8 solutions, vous pouvez consulter l’outil comparatif proposé par le projet Datacc’.
L’une des problématiques qui se pose actuellement est l’interopérabilité entre les systèmes, c’est-à-dire la possibilité de faire interagir le logiciel d’ELN avec d’autres outils informatiques, pour permettre l’échange de données et de métadonnées notamment. La problématique se pose entre différents logiciels d’ELN (voir le projet de l’ELN consortium qui tente d’y répondre via un format commun d’échange de données) mais aussi entre l’ELN et les autres outils informatiques (bases de données, annuaires, entrepôts de données…).
Pour les auteurs de cet article publié récemment, les fonctionnalités de l’ELN devraient aller encore plus loin pour qu’il devienne un outil central permettant de rendre les données interopérables, réutilisables et interprétables par la machine et les scientifiques. Selon eux, l’ELN devrait (dans un laboratoire de chimie) :
- être couplé avec les instruments de mesure pour récupérer automatiquement les résultats d’analyse ;
- permettre la conversion automatique des données dans un format ouvert, standardisé et interopérable ;
- permettre la documentation des données selon un format standard (standard de métadonnées) et en utilisant un vocabulaire contrôlé et hiérarchisé (ontologie) ;
- permettre la publication des données sur un entrepôt de données tel que Zenodo.
Pour aller plus loin :
- Projet Datacc’ – Utiliser un cahier de laboratoire numérique
- Rapport du Groupe de travail du du Comité pour la science ouverte sur les Cahiers de Laboratoire électroniques
