FAIRsharing est un portail web donnant accès à trois répertoires incluant les descriptions de trois types de ressources : Standards (près de 1 800 à ce jour) : standards de métadonnées, vocabulaires standards et ontologies, formats standards, reporting guidelines, standards d'identification, Bases de données et entrepôts de données (près de 2 300 à ce jour), Politiques des financeurs,… Lire la suite FAIRsharing
Étiquette : Entrepôt de données
Les entrepôts de données
[Mise à jour d'un article initialement publié en janvier 2021] Les entrepôts de données de recherche sont des services en ligne permettant le stockage de données scientifiques et de leurs métadonnées descriptives. Leur objectif premier est de faciliter la diffusion et la découverte des données de la recherche. Un "jeu de données" déposé sur un… Lire la suite Les entrepôts de données
Les différences entre 3 entrepôts en neuroscience : EBRAINS, DANDI et OpenNeuro
Pour partager ses données avec un large public, la solution la plus efficace est de les déposer dans un entrepôt de données. La première recommandation consiste à chercher s'il existe un entrepôt disciplinaire adapté à votre type de données ou à votre thématique de recherche. De nombreux entrepôts de données existent dans le domaine des… Lire la suite Les différences entre 3 entrepôts en neuroscience : EBRAINS, DANDI et OpenNeuro
Les différences entre plusieurs entrepôts de données généralistes : Recherche Data Gouv, Zenodo, Dryad et Figshare
Pour ouvrir ses données de recherche, il existe de très nombreux entrepôts de données. Parmi eux, les entrepôts dits "généralistes" ou "pluridisciplinaires" permettent le partage de tous types de données de recherche. Leur utilisation est conseillée uniquement dans le cas où il n'existe pas d'entrepôt disciplinaire adapté. Nous vous proposons aujourd'hui un comparatif de quatre… Lire la suite Les différences entre plusieurs entrepôts de données généralistes : Recherche Data Gouv, Zenodo, Dryad et Figshare
Comment partager des données associées à une publication ?
[Mise à jour d'un article initialement publié en septembre 2022] Vous êtes en train de soumettre un article à une revue et on vous demande de partager les données associées ? Quelles solutions s'offrent à vous et comment faire ? La première étape consiste à identifier les données qu’il est nécessaire d'associer à votre publication.… Lire la suite Comment partager des données associées à une publication ?
Déposer des données dans un entrepôt, que doit-on anticiper ? L’exemple de GEO
En décembre dernier, la chercheuse Isabelle Stévant a publié un article intitulé "Chronique d'une soumission de données à GEO" sur le blog participatif de bioinformatique francophone, Bioinfo-fr.net. Cet article illustre étape par étape le processus de dépôt de données de séquençage haut débit dans l'entrepôt Gene Expression Omnibus (GEO). Au-delà de son utilité directe pour… Lire la suite Déposer des données dans un entrepôt, que doit-on anticiper ? L’exemple de GEO
DataMed
DataMed est un prototype de moteur de recherche de données scientifiques dans le domaine biomédical. Financé par le NIH dans le cadre du projet BioCADDIE, ce moteur de recherche open source facilite la découverte de données de recherche, en permettant, en une seule requête, de chercher dans un large spectre d'entrepôts de données en sciences… Lire la suite DataMed
Le Comité pour la science ouverte publie une liste d’entrepôts thématiques de confiance pour le partage et l’ouverture des données de la recherche
Le Collège des Données de la recherche du Comité pour la science ouverte a mené un travail important ces deux dernières années pour guider les équipes de recherche dans l'identification d'entrepôts de données considérés comme "de confiance", c'est-à-dire permettant de rendre les données intelligibles et réutilisables et de garantir leur accès dans la durée. Deux… Lire la suite Le Comité pour la science ouverte publie une liste d’entrepôts thématiques de confiance pour le partage et l’ouverture des données de la recherche
Disparition de certains entrepôts de données : quel impact sur l’accès aux données ?
Avec l'augmentation du partage et de la citation des jeux de données, la question de la préservation sur le long terme des données devient essentielle. En effet, pour qu'une citation fonctionne, il faut s'assurer de la pérennité de l'accès au jeu de données cité. Actuellement, la charge de la conservation à long terme des données… Lire la suite Disparition de certains entrepôts de données : quel impact sur l’accès aux données ?
Scientifiques, répondez à l’enquête sur vos pratiques et besoins en matière de publication de data papers
Saviez-vous que l'entrepôt Recherche Data Gouv propose un outil de génération de data papers ? Il vous permet, à partir du DOI d'un jeu de données déposé sur l'entrepôt, de générer une ébauche de data paper : les métadonnées décrivant le jeu de données sont formatées sous forme d'un document texte (au format .odt) facile… Lire la suite Scientifiques, répondez à l’enquête sur vos pratiques et besoins en matière de publication de data papers