DataMed est un prototype de moteur de recherche de données scientifiques dans le domaine biomédical. Financé par le NIH dans le cadre du projet BioCADDIE, ce moteur de recherche open source facilite la découverte de données de recherche, en permettant, en une seule requête, de chercher dans un large spectre d'entrepôts de données en sciences… Lire la suite DataMed
Étiquette : Entrepôt de données
Le Comité pour la science ouverte publie une liste d’entrepôts thématiques de confiance pour le partage et l’ouverture des données de la recherche
Le Collège des Données de la recherche du Comité pour la science ouverte a mené un travail important ces deux dernières années pour guider les équipes de recherche dans l'identification d'entrepôts de données considérés comme "de confiance", c'est-à-dire permettant de rendre les données intelligibles et réutilisables et de garantir leur accès dans la durée. Deux… Lire la suite Le Comité pour la science ouverte publie une liste d’entrepôts thématiques de confiance pour le partage et l’ouverture des données de la recherche
Disparition de certains entrepôts de données : quel impact sur l’accès aux données ?
Avec l'augmentation du partage et de la citation des jeux de données, la question de la préservation sur le long terme des données devient essentielle. En effet, pour qu'une citation fonctionne, il faut s'assurer de la pérennité de l'accès au jeu de données cité. Actuellement, la charge de la conservation à long terme des données… Lire la suite Disparition de certains entrepôts de données : quel impact sur l’accès aux données ?
Scientifiques, répondez à l’enquête sur vos pratiques et besoins en matière de publication de data papers
Saviez-vous que l'entrepôt Recherche Data Gouv propose un outil de génération de data papers ? Il vous permet, à partir du DOI d'un jeu de données déposé sur l'entrepôt, de générer une ébauche de data paper : les métadonnées décrivant le jeu de données sont formatées sous forme d'un document texte (au format .odt) facile… Lire la suite Scientifiques, répondez à l’enquête sur vos pratiques et besoins en matière de publication de data papers
Le répertoire d’entrepôts de données re3data
re3data (registry of research data repositories) est un répertoire d'entrepôts de données de recherche dans toutes les disciplines scientifiques. Très complet, il indexe à ce jour plus de 3000 entrepôts de données hébergés partout dans le monde. Chaque entrepôt est décrit par des métadonnées précises dont la qualité est vérifiée régulièrement : de façon manuelle… Lire la suite Le répertoire d’entrepôts de données re3data
Comment trouver un entrepôt de données dans le domaine biomédical ?
[Mise à jour d’un article initialement publié en janvier 2021] Pour partager ses données à un large public, la solution la plus efficace est de les déposer dans un entrepôt de données. Mais comment trouver un entrepôt de données adapté à ses besoins ? Selon quels critères le choisir ? La première recommandation est de chercher en… Lire la suite Comment trouver un entrepôt de données dans le domaine biomédical ?
GISAID : un avenir incertain ?
Dans un article paru le 19 avril dernier dans la revue Science, Martin Enserink (rédacteur en chef adjoint de la revue) et Jon Cohen (journaliste scientifique) s'inquiètent pour l'avenir de GISAID, la base de données des génomes des virus de la grippe, devenue une base de données de référence pour le SARS-CoV-2. En effet, certains… Lire la suite GISAID : un avenir incertain ?
Comment déposer des données dans l’entrepôt Recherche Data Gouv ?
L'entrepôt pluridisciplinaire Recherche Data Gouv (que nous vous présentions ici) vous permet de partager vos données de recherche. Mais comment faire concrètement ? Nous vous proposons ici une synthèse des principales ressources à consulter pour avoir toutes les informations en mains. 1) Avant de déposer dans RDG, vous devez : - Identifier si votre jeu… Lire la suite Comment déposer des données dans l’entrepôt Recherche Data Gouv ?
Comment associer un jeu de données à une publication en cours de peer-reviewing avec Zenodo ?
Vous êtes en train de soumettre un article à une revue et on vous demande de déposer les données associées dans un entrepôt ? Vous souhaitez utiliser Zenodo car cet entrepôt est simple d'utilisation. Nous vous expliquions en décembre dernier comment déposer vos données de recherche dans Zenodo. Mais comment faire, au cours du processus… Lire la suite Comment associer un jeu de données à une publication en cours de peer-reviewing avec Zenodo ?
Comment déposer des données de recherche dans Zenodo ?
L'entrepôt pluridisciplinaire Zenodo (que l'on vous présente ici) vous permet de partager facilement vos données de recherche, notamment les données associées aux publications. Mais comment faire concrètement ? 1ère étape : se créer un compte. Rien de plus simple : rendez vous sur zenodo.org, cliquez sur le bouton Sign up en haut à droite et… Lire la suite Comment déposer des données de recherche dans Zenodo ?