On vous explique

Les articles exécutables

Qui n’a jamais eu envie de modifier un graphique dans une publication (pour changer d’échelle, enlever une variable…) ou d’accéder aux données brutes et au code qui ont permis de créer ce graphique ? C’est désormais possible avec les articles exécutables (Executable Research Articles ou Executable papers).

Dans ce nouveau format de publication, la publication est formatée sous forme d’un logiciel dynamique qui combine du texte, des données et le code utilisé pour l’analyse. La publication est donc interactive : le lecteur (ou le reviewer) peut interagir avec les données et rejouer (ou même modifier) les codes utilisés. L’idée est de permettre au lecteur de reproduire chaque étape franchie pour arriver aux conclusions d’une publication.

La revue eLife est la première à proposer aux auteurs de publier leur article sous forme exécutable, en partenariat avec Stencila, solution open source permettant de présenter l’article en version interactive sur le web. Les lecteurs peuvent étudier le code, le modifier et le ré-exécuter directement dans le navigateur. Toutes les modifications sont limitées à la session de navigation d’un utilisateur et n’affectent pas l’article publié. Les lecteurs peuvent également télécharger la publication – avec tous les codes et données intégrés – et l’utiliser comme base pour leur propre recherche.

Pour voir concrètement à quoi cela ressemble, vous pouvez consulter la collection d’articles exécutable d’eLife. Pour voir la version exécutable d’un article :

  • Cliquez sur « See this research in an executable code view » dans le bandeau orange en haut.
  • Cliquez ensuite sur le bouton « Run document ». Après un certain temps, le message « Ready to run document » apparait.
  • Vous pouvez désormais cliquer sur les icônes « œil bleu » au niveau de chaque figure pour visualiser le code sous-jacent et le modifier.
  • Une fois la modification effectuée, cliquez sur l’icône blanche « play » juste à côté de l’œil bleu pour exécuter le code et voir l’effet des modifications.
  • Pour télécharger la version exécutable de l’article (un fichier zip contenant le texte, les codes, les données, les figures…), cliquez sur l’icône « Télécharger » en haut à droite de l’article.

Pour voir un autre type d’article exécutable, vous pouvez regarder la démo vidéo proposée par Michael Nauge, ingénieur à l’université de Poitiers, d’un article exécutable réalisé avec JupyterLab et myBinder (la démo en elle-même démarre vers la 13ème minute). Pour accéder à l’article exécutable de démonstration, cliquez sur ce lien, descendez dans le fichier README et cliquez sur le bouton dans la section « Bouton pour lancer l’article interactif de démonstration avec le service distant myBinder ».

Si vous avez besoin d’être convaincu(e) que les articles exécutables peuvent contribuer à améliorer la transparence et la reproductibilité des résultats de la recherche, vous pouvez lire :