Le plan de gestion de logiciel (PGL) ou Software Management Plan (SMP) est moins connu que le plan de gestion des données, et pourtant il peut s'avérer très utile pour les scientifiques qui développent des logiciels, scripts ou programmes dans le cadre de leur activité de recherche. Le PGL est un document qui décrit un… Lire la suite Le plan de gestion de logiciel
Étiquette : Gestion des logiciels
Comment mettre en place un plan de gestion de logiciel ?
[Mise à jour d'un article initialement publié en mai 2021] La mise en place d'un plan de gestion de logiciel (PGL) est une étape essentielle pour favoriser la réutilisation et la durabilité de votre logiciel, script ou programme. Mais comment faire en pratique, quel modèle utiliser ? Vous avez deux options : 1. Vous pouvez utiliser… Lire la suite Comment mettre en place un plan de gestion de logiciel ?
Comment citer un jeu de données ou un logiciel dans ses publications ?
[Mise à jour d'un article initialement publié en avril 2021] Vous avez trouvé un jeu de données intéressant dans un entrepôt et vous l’avez réutilisé pour produire un résultat scientifique ? Vous avez généré des données à l'aide d'un logiciel développé par d’autres scientifiques ? Dans ce cas, il est important de citer de manière… Lire la suite Comment citer un jeu de données ou un logiciel dans ses publications ?
Reproductibilité computationnelle : une formation sur 3 jours pour apprendre à ouvrir, documenter et exécuter
Nous vous parlions il y a quelques semaines des actions que les auteurs du préprint "CODE beyond FAIR" invitent à mettre en place pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche : ouvrir, documenter, exécuter, collaborer. Vous pouvez désormais apprendre concrètement comment faire, en vous inscrivant à la formation sur la reproductibilité computationnelle qui… Lire la suite Reproductibilité computationnelle : une formation sur 3 jours pour apprendre à ouvrir, documenter et exécuter
Ouvrir, documenter, exécuter, collaborer : des propositions d’actions pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche
Les principes FAIR ont été imaginés en premier lieu pour les données de la recherche. Plusieurs tentatives d'adaptation aux logiciels de recherche ont ensuite été proposées (nous vous en parlions par exemple ici et ici). Cependant, selon les auteurs du préprint "CODE beyond FAIR" déposé dans HAL en février 2025, ces tentatives ne prennent pas… Lire la suite Ouvrir, documenter, exécuter, collaborer : des propositions d’actions pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche
Perspectives pour un catalogue national des logiciels de recherche : s’appuyer sur l’existant et automatiser au maximum
Le collège « Codes sources et logiciels » du comité pour la science ouverte (CoSO) a publié récemment sur HAL un rapport intitulé "Vers un catalogue des logiciels de la recherche : état des lieux et analyse des besoins". Ce rapport constitue une base de travail pour élaborer des préconisations de déploiement d’un catalogue des… Lire la suite Perspectives pour un catalogue national des logiciels de recherche : s’appuyer sur l’existant et automatiser au maximum
Comment trouver des données et composants logiciels à réutiliser ?
[Mise à jour d’un article initialement publié en juin 2021] Avant de générer des données ou de développer un logiciel, il est toujours utile de vérifier s’il n’est pas possible de réutiliser des jeux de données ou des composants logiciels produits par d’autres scientifiques, et ce afin d'éviter la duplication des efforts. Voici donc quelques… Lire la suite Comment trouver des données et composants logiciels à réutiliser ?
Petite histoire du logiciel AlphaFold3 ou comment l’absence de code ouvert conduit à refaire ce qui existe déjà
[Mise à jour le 15 novembre 2014 : le code d'AlphaFold3 est désormais accessible sur GitHub sous licence CC BY-NC-SA 4.0. Les poids du modèle sont quant à eux accessibles sur demande. Voir les commentaires sur les sites de Science et Nature] Le 8 mai 2024, un article publié dans Nature présente la troisième version… Lire la suite Petite histoire du logiciel AlphaFold3 ou comment l’absence de code ouvert conduit à refaire ce qui existe déjà
Un nouveau MOOC sur la recherche reproductible pour améliorer vos pratiques de gestion de données massives et de calculs
Pour travailler de manière reproductible, il est nécessaire de connaître des méthodes efficaces ainsi que des outils, d'autant plus lorsque l'on travaille avec de gros volumes de données et des calculs complexes. Avec le nouveau MOOC "Reproducible Research II: Practices and tools for managing computations and data" vous devriez avoir toutes les cartes en main… Lire la suite Un nouveau MOOC sur la recherche reproductible pour améliorer vos pratiques de gestion de données massives et de calculs
Comment évaluer la conformité d’un logiciel avec les principes FAIR ?
Nous vous présentions précédemment les principes FAIR pour les logiciels de recherche (FAIR for Research Software - FAIR4RS - principles). Mais pour évaluer le degré d'implémentation des principes FAIR, il est plus simple de disposer d'une checklist. C'est ce que propose le projet FAIR-IMPACT dans son document Metrics for automated FAIR software assessment in a… Lire la suite Comment évaluer la conformité d’un logiciel avec les principes FAIR ?