Nous vous expliquions précédemment ce qu’est un article exécutable, cette publication interactive qui combine texte, données et code. Mais comment faire pour publier ce type d’article ?
Avant toute chose, il faut bien noter que ce type de publication est uniquement adapté à la recherche qui s’appuie sur du code informatique. Si vous êtes dans cette situation, voici quelques recommandations.
Anticiper et faire évoluer vos pratiques si nécessaires
Un article exécutable repose sur la disponibilité des données, des codes et de la documentation associée. Ceci nécessite un travail conséquent qui doit être prévu dès le début de la recherche. Il est en effet très compliqué de transformer un article “classique” en article exécutable après coup, si cela n’a pas été anticipé.
Concrètement, il est recommandé de :
- documenter au quotidien sa démarche et son code en utilisant un document computationnel ;
- suivre des bonnes pratiques de gestion des données, de façon à ce qu’elles soient bien organisées, nommées et documentées.
Vérifier si la revue dans laquelle vous souhaitez publier accepte les articles exécutables
Très peu de revues prennent en charge l’hébergement d’articles exécutables. Il est donc important de les identifier et d’anticiper les contraintes associées.
En sciences de la vie, la revue Elife est pour le moment la seule qui se charge d’héberger l’ensemble du matériel (texte, code, données) sur sa plateforme et qui propose une version interactive en ligne de l’article. Concrètement, si vous publiez un article “classique” chez Elife, vous pouvez exprimer votre souhait de publier une version exécutable de cet article. Quelques pré-requis doivent cependant être pris en compte ; les figures doivent par exemple être générées avec R ou Python (plus de détails ici).
A noter que les plateformes de publication basées sur l’infrastructure F1000Research (comme Open Research Europe, Gates Open Research ou Wellcome Open Research) donnent la possibilité d’inclure des éléments interactifs dans son article : figures interactives ou capsules de code exécutables.
Réfléchir aux outils à utiliser si vous souhaitez créer vous-même un article exécutable
Il est possible de créer, héberger et rendre accessible vous-même un article exécutable. Dans ce cas, vous pourrez publier un article classique dans n’importe quel journal et faire un lien depuis cet article vers sa version exécutable, hébergée en dehors de la revue.
Plusieurs outils sont possibles :
- Jana Lasser, auteur de l’article Creating an executable paper is a journey through Open Science (2020) a créé son article avec Jupyter, hébergé les données et codes dans Github et créé une version interactive avec MyBinder.
- Les auteurs de l’article Making an executable paper with the Python in Heliophysics Community to foster open science and improve reproducibility (2023) ont, quand à eux, utilisé DeepNote pour créer de bout en bout leur article et héberger les données et codes.
