Comment faire

Comment déposer des données de recherche dans Zenodo ?

L’entrepôt pluridisciplinaire Zenodo (que l’on vous présente ici) vous permet de partager facilement vos données de recherche, notamment les données associées aux publications. Mais comment faire concrètement ?

1ère étape : se créer un compte.

Rien de plus simple : rendez vous sur zenodo.org, cliquez sur le bouton Sign up en haut à droite et suivez les instructions.

Si vous souhaitez utiliser l’espace de test de Zenodo, il vous faudra également vous créer un compte sur cet espace : sandbox.zenodo.org

2e étape : déposer ses fichiers.

Cliquez sur Upload en haut de la page puis sur le bouton New Upload. Vous pouvez maintenant charger les fichiers de données. Attention, le volume maximal pour l’ensemble des fichiers est de 50 GB. Pour charger facilement tout un dossier, vous pouvez le compresser. Dans ce cas, si vous publiez ensuite votre jeu de données en Open Access, les fichiers apparaitront dans la zone Preview comme ci-dessous :

Exemple de preview dans Zenodo d'un fichier compressé

N’oubliez pas de cliquer sur le bouton vert Start upload en haut à droite, sinon vous ne pourrez pas enregistrer ni publier votre dépôt.

3e étape : compléter les métadonnées.

Zenodo vous propose d’abord de sélectionner une ou plusieurs « communauté(s) » dans lesquelles vous souhaitez que votre jeu de données apparaisse (facultatif). L’objectif d’une communauté est de regrouper tous les jeux de données d’une institution, d’un projet, d’une revue, d’une thématique, etc. Il peut vous être demandé, lorsque vous faites partie d’un programme de recherche particulier par exemple, de sélectionner une communauté spécifique.

Il ne vous reste plus qu’à sélectionner Dataset dans la liste Upload type et à compléter les métadonnées de description de ce jeu de données. Le nombre de champs de métadonnées obligatoires dans Zenodo est assez restreint, ce qui rend cet entrepôt facile d’utilisation, mais nous vous invitons à compléter le maximum de champs possibles, afin que les données soient plus facilement trouvables, compréhensibles et réutilisables (principes FAIR).

Capture d'écran Zenodo - upload type et métadonnées

Nous ne décrirons pas ici l’ensemble des métadonnées mais nous vous proposons un focus sur quelques métadonnées spécifiques :

  • Digital Object Identifier : En cliquant sur Reserve DOI, Zenodo attribuera immédiatement un nouveau DOI à votre jeu de données (vous pouvez ainsi ajouter ce DOI dans votre manuscrit). Si vous laissez ce champ vide, Zenodo attribuera automatiquement un nouveau DOI au moment où vous cliquerez sur le bouton Publish. Si le jeu de données dispose déjà d’un DOI (parce qu’il a déjà été publié ailleurs par exemple), indiquez son DOI dans ce champ.
  • Publication date : On a tendance à penser que cette métadonnée permet de définir la date à laquelle le jeu de données sera publié en ligne. Ce n’est pas le cas, les métadonnées du jeu de données sont publiées en ligne dès que l’on clique sur le bouton Publish. Il est cependant possible de définir un embargo pour limiter l’accès aux fichiers pendant une certaine période avec la métadonnée Access right.
  • Access right : cette métadonnée vous permet de définir si les fichiers seront librement téléchargeables (Open Access, Embargoed Access après un certain délai) ou non (Restricted Access, Closed Access). Retrouvez une explication de ces différentes conditions d’accès dans notre article présentant Zenodo.
  • License : Si vous sélectionnez Open Access ou Embargoed Access, vous pouvez définir la licence que vous souhaitez attribuer à votre jeu de données. Pour trouver une licence particulière (par exemple une licence Creative Commons), le plus simple est de copier l’identifiant de la licence depuis cette liste et de le coller dans le champ License de Zenodo.

4e étape : enregistrer et publier le jeu de données.

Une fois que vous avez complété toutes les métadonnées (a minima, les métadonnées obligatoires), cliquez sur Save pour enregistrer votre dépôt sans qu’il soit publié en ligne. Tant que le dépôt n’est pas publié, vous pouvez y revenir (via le bouton Upload en haut de la page) pour le modifier. Pour publier votre dépôt, cliquez sur Publish.

Il est toujours possible de modifier votre dépôt après publication : en ouvrant votre dépôt (via le bouton Upload), deux options vous sont proposées : Edit ou New Version :

  • Edit vous permet de modifier les métadonnées ou les conditions d’accès aux fichiers ;
  • New Version vous permet de modifier les fichiers. Une nouvelle version du jeu de données, avec un nouveau DOI, sera alors créée automatiquement.

Il n’est pas possible de supprimer un dépôt après publication car un DOI doit toujours « pointer » vers une ressource. Si vous souhaitez « retirer » des données, vous pouvez modifier les conditions d’accès aux fichiers pour les passer en Closed Access et expliquer dans le champ description pourquoi les données ne sont plus accessibles.

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