Si vous générez des données de bioimagerie et que vous avez besoin de conseils pour mieux les gérer, vous pouvez désormais vous appuyer sur un guide très complet : le guide des bonnes pratiques pour la gestion des données de la recherche en BioImagerie.
Ce guide a été conçu par un groupe de travail du RTmfm (réseau technologique de l’imagerie photonique) en s’appuyant sur un guide multidisciplinaire déjà existant. Il propose un cas d’usage concret de la gestion des données d’imagerie produites par les plateformes de microscopie photonique ou dans les laboratoires, tout en exposant les notions fondamentales de la gestion selon les principes FAIR.
Le guide, dont les auteurs précisent qu’il n’est pas exhaustif, suit les étapes du cycle de vie des données : imaginer et préparer, concevoir et planifier un projet de recherche, collecter et stocker, traiter, analyser, préserver et archiver, publier et diffuser.
À chaque étape, les auteurs détaillent les bonnes pratiques qu’il est bon de mettre en place en s’appuyant sur des exemples, des ressources et des outils dans le domaine de la bioimagerie. Par exemple :
– Concernant la planification d’un projet, les auteurs citent l’exemple de la plateforme PRIMACEN de Rouen qui propose un processus complet pour accompagner les chercheurs/utilisateurs dans leurs démarches d’imagerie. Ils expliquent également l’intérêt pour les plateformes de mettre en place un PGD d’entité afin de formaliser l’ensemble de ces informations dans un document unique.
– Les auteurs accordent une place importante aux bonnes pratiques d’organisation, de nommage et de description des images (la microscopie étant un domaine où une image privée de ses métadonnées est inutilisable). Ils citent notamment différents outils pour organiser et décrire les données (OMERO, MethodsJ2, ISA tools…) et des standards et checklists pour décrire les images (standard REMBI, checklist publiée par le consortium QUAREP-LiM…).
– Concernant la publication des données dans des entrepôts, les auteurs en citent 3 qui se distinguent dans le domaine de la bioimagerie : Image Data Resource (qui n’accepte que les données ayant une haute valeur de réutilisabilité et pouvant être considérées comme des données de « référence »), BioImage Archive (qui accepte toutes les images, sous condition qu’elles soient liées à un travail publié ou en cours de publication), Electron Microscopy Public Image Archive (EMPIAR, spécialisé dans les images de microscopie électronique).
Il ne vous reste plus qu’à prendre un peu de temps pour explorer cet éventail de ressources. Le guide est disponible sur HAL, sous licence CC BY 4.0 :
Alexis Lebon, Julio Mateos Langerak, Faisal Bekkouche, Guillaume Gay, Mathieu Vigneau, et al.. Guide des bonnes pratiques pour la gestion des données de la recherche en BioImagerie. RTmfm, MITI du CNRS, IFSeM. 2025. ⟨hal-05023064⟩
