Gestion et partage des données et des logiciels

Utilisation de logiciels libres dans le cadre d’une plateforme de protéomique, un retour d’expérience positif

Suite à leur intervention lors des Journées Réseaux de l’Enseignement et de la Recherche le 18 mai dernier, Edlira Nano, Olivier Langella et Filippo Rusconi ont publié sur HAL un article dans lequel ils proposent un retour d’expérience sur la mise en pratique des logiciels libres dans la plateforme scientifique « Analyses Protéomiques de Paris Sud-Ouest » (PAPPSO).

Cette plateforme utilisait exclusivement des logiciels propriétaires jusqu’en 2005 et est ensuite progressivement passée à l’utilisation de logiciels libres pour l’ensemble de son infrastructure informatique : réseau, serveurs, stockage, calcul et postes personnels.

Leur expérience du logiciel libre leur permet aujourd’hui de mettre en avant ses bénéfices :

Un gain en productivité/efficacité, via plusieurs facteurs :

  • Autonomie : les logiciels libres peuvent être paramétrés finement et adaptés aux besoins des scientifiques ;
  • Agilité : les nouvelles fonctionnalités demandées par les scientifiques peuvent rapidement être mises en place, par le paramétrage et l’adaptation du code source ou par la réutilisation de code source libre tiers. Les scientifiques peuvent tester le logiciel en temps réel et il est donc rapidement optimisé ;
  • Collaboration : les scientifiques profitent des logiciels libres existants ; les logiciels développés ou les améliorations apportées à un code source sont partagés et bénéficient à leur tour à d’autres scientifiques.

Des résultats durables, via plusieurs facteurs :

  • Transparence : le scientifique sait exactement comment le logiciel fonctionne ;
  • Reproductibilité : il n’est pas nécessaire d’acquérir les droits d’utilisation pour pouvoir reproduire des résultats obtenus avec un logiciel libre ;
  • Interopérabilité : les formats de données des logiciels libres sont ouverts et souvent standardisés, à l’inverse des formats très variés propres à chaque éditeur de logiciel propriétaire. 

Pour aller plus loin, lire l’article sur HAL : Logiciels libres : à la recherche du bien commun

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