La science ouverte en théorie, c’est bien joli, mais en pratique comment fait-on ? Comment s’assurer de la reproductibilité de ses résultats ? Comment les partager ? Quels outils utiliser ? Des formations fleurissent ces derniers temps pour vous accompagner de façon concrète.
Pour les doctorants, chercheurs, étudiants en master, enseignants, ingénieurs :
L’INRIA propose une 3e session, enrichie de nouveaux contenus, de son MOOC “Recherche reproductible : principes méthodologiques pour une science transparente”. Cette session est ouverte pour une durée d’un an. Le temps estimé pour suivre ce cours et faire les exercices est de 24h.
Au cours d’exercices basés sur des cas pratiques, vous apprendrez à utiliser différents outils :
- Markdown pour la prise de note structurée
- des Outils d’indexation (DocFetcher et ExifTool)
- Gitlab pour le suivi de version et le travail collaboratif
- Notebooks (jupyter, rstudio ou org-mode) pour combiner efficacement calcul, représentation et analyse des données.
La formation introduira également les enjeux et les difficultés de la recherche reproductible. À l’issue de ce MOOC, vous aurez acquis les techniques vous permettant de préparer des documents computationnels réplicables et de partager en toute transparence les résultats de vos travaux.
Pour les bioinformaticiens et biostatisticiens :
L’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) organisent du 31/08/2020 au 02/09/2020 à Paris une formation intitulée “Les principes FAIR appliqués à la bioinformatique : introduction à la reproductibilité et à la science ouverte”
Cette formation est destinée aux bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes “FAIR” (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d’analyse et de développement. A la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.
Dépêchez-vous ! Le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum et la date limite d’inscription est le 21 juin 2020.
