Les entrepôts de données constituent la meilleure solution pour partager des données avec la communauté scientifique. Cependant, parmi les milliers d’entrepôts existants, tous ne garantissent pas le même niveau de « FAIRisation » des données.
Des initiatives proposent donc d’analyser les entrepôts et de sélectionner ceux répondant à des critères de qualité clairement définis. L’objectif : vous faire gagner du temps en vous proposant une liste d’entrepôts de données « de confiance » dans lesquels vous pouvez déposer vos données en ayant l’assurance qu’elles seront intelligibles, réutilisables et accessibles dans la durée.
Citons deux initiatives :
Les entrepôts thématiques de confiance identifiés par le Comité pour la science ouverte (CoSO)
Le Collège des Données de la recherche du CoSO a engagé depuis 2022 un travail pour identifier des entrepôts thématiques de confiance. La méthode d’identification de ces entrepôts a été publiée dans une note disponible sur HAL. Cette note identifie en particulier les critères d’exclusion retenus. Ainsi, un entrepôt ne peut pas être qualifié « de confiance » si l’un des critères suivants est identifié :
- Absence de modération des dépôts,
- Absence d’identifiant pérenne,
- Absence de garantie sur la pérennité de l’infrastructure,
- Entrepôts pratiquant la cession de droits,
- Politique tarifaire excessive,
- Localisation des données hors Union européenne pour certains types de données,
- Dépôt restreint par l’affiliation institutionnelle,
- Non-respect de la liberté académique.
À partir de ces critères, le groupe de travail a publié une liste d’entrepôts thématiques de confiance, disponible sur le site de Recherche Data Gouv. Cette liste est évolutive et non exhaustive et les communautés sont invitées à proposer des entrepôts susceptibles de l’intégrer.
Les entrepôts en sciences de la vie sélectionnés par l’organisation ELIXIR
L’organisation ELIXIR identifie, sur la base de critères de gouvernance et de critères de qualité technique, des « ELIXIR Core Data Resources », des ressources européennes revêtant une importance fondamentale pour l’ensemble de la communauté des sciences de la vie et pour la conservation à long terme des données biologiques. Parmi ces ressources figurent des entrepôts pour le dépôt des données regroupés sous la terminologie « ELIXIR Deposition Databases » qui peuvent donc être considérés comme des entrepôts « de confiance » pour ELIXIR. Les critères utilisés pour la sélection sont les suivants :
- Périmètre scientifique et qualité de la science : La ressource fait-elle autorité dans son domaine ? A-t-elle une dimension internationale ? A-t-elle suffisamment d’ETP impliqués dans la curation, l’annotation, le traitement ou l’intégration des données ?
- Communauté : Quels sont les usages de la ressource au cours des dernières années ? Quelle est la taille de la communauté mondiale de personnes utilisatrices potentielles ? La ressource est-elle citée dans la littérature ? Existe-t-il d’autres ressources dépendant de cette ressource ?
- Qualité du service : La ressource attribue-t-elle des identifiants uniques et pérennes ? Utilise-t-elle des standards reconnus par la communauté ? Combien y a-t-il de dépôts par an ? Quelles sont ses performances techniques ? Quelle assistance est proposée aux personnes qui utilisent la ressource ?
- Cadre juridique, financement et gouvernance : La ressource a-t-elle une structure de gouvernance solide incluant un comité consultatif scientifique ? Dispose-t-elle d’un cadre juridique favorable à la science ouverte (conditions d’utilisation claires, licences…) ? A-t-elle une politique de confidentialité publique, une politique éthique conforme aux standards internationaux ? Ses financements sont-ils durables ?
- Impact et récits translationnels : En quoi cette ressource contribue-t-elle à faire progresser la science ? Quel serait l’impact sur la communauté scientifique si cette ressource n’avait jamais existé, ou si elle venait à disparaître ?
Les listes proposées par ces deux initiatives sont donc un excellent point de départ pour choisir l’entrepôt le plus adapté à vos besoins. N’hésitez pas à les consulter avant tout dépôt !
Sources :
- Lamotte F de, Stoll V, Arènes C, Herbet ME, Debard S, Genova F, et al. Sélectionner un entrepôt thématique de confiance pour le dépôt de données : méthodologie et analyse de l’offre existante [version 3]. Comité pour la Science Ouverte; 2024. doi:10.52949/52
- Durinx C, McEntyre J, Appel R, Apweiler R, Barlow M, Blomberg N, et al. Identifying ELIXIR Core Data Resources [version 2; peer review: 2 approved]. F1000Research; 2017. doi:10.12688/f1000research.9656.2
