En février dernier, les éditeurs de la revue PLOS Biology ont publié un éditorial expliquant les raisons pour lesquelles ils mettent en place une nouvelle politique obligatoire de partage du code.
Ils partent du constat que la grande majorité des recherches en biologie s’appuient sur du code : il peut s’agir de l’élément central du projet, de code utilisé pour le nettoyage, l’analyse, ou la visualisation des données, ou encore de petits scripts permettant d’exécuter des progiciels prêts à l’emploi. Dans tous les cas, il y a de fortes chances pour que les articles contiennent du code.
Depuis trois ans, PLOS Biology demande aux auteurs des articles acceptés de partager leur code publiquement. Pourtant, la revue a constaté un écart entre les articles liés à une recherche produisant du code et les articles qui partagent du code. Selon eux, les obstacles seraient notamment une compréhension incomplète de ce qui doit être partagé et une méconnaissance des exigences en matière de code.
C’est la raison pour laquelle la revue a décidé de formaliser ses exigences dans une nouvelle politique. Accompagnée d’un guide, celle-ci clarifie ce qui doit être partagé et fournit des directives détaillées sur la méthodologie à suivre. En voici les éléments principaux :
– Tout code généré par les auteurs et nécessaire pour reproduire à les résultats, les analyses et les visualisations présentés dans l’article doit être mis à la disposition du public de manière permanente, sauf si les auteurs bénéficient d’une dérogation.
– Si le code ne peut pas être rendu public pour des raisons légales ou éthiques, ou en cas de recherche duale à risques, toute restriction doit être clairement indiquée au moment de la soumission, dans la lettre d’accompagnement jointe au manuscrit ainsi que dans la section Data Availability Statement (DAS). Dans ce cas, PLOS Biology recommande d’utiliser des entrepôts à accès contrôlé, ou, si cela n’est pas possible, d’indiquer dans le DAS les interlocuteurs auxquels les demandes doivent être adressées, comme un comité d’accès institutionnel par exemple.
– Si le code peut être rendu public :
- Le code doit être déposé dans un entrepôt public et permanent qui attribue des identifiants pérennes, comme Zenodo, Code Ocean ou l’archive Software Heritage. Les plateformes comme GitHub ou Bitbucket ne sont pas considérées comme des entrepôts permanents ; une version du code doit donc être archivée sur l’un de ces entrepôts.
- Le Data Availability Statement doit indiquer où et comment le code est accessible, en fournissant un lien vers sa version archivée ainsi qu’un lien vers sa version active.
- Le code doit être accessible aux éditeurs et reviewers au moment de la soumission et tout au long du processus éditorial. Il devra être rendu public au moment des vérifications pré-publication.
- La documentation nécessaire pour qu’un autre chercheur puisse exécuter le code doit également être partagée, par exemple sous la forme d’un fichier README. Elle doit notamment décrire l’environnement dans lequel le code doit être exécuté, ainsi que l’ensemble de ses dépendances.
- Une licence doit être associée au code, sous la forme d’un fichier LICENSE.txt. La revue n’exige pas de licence particulière, mais recommande l’utilisation de licences open source qui favorisent la recherche ouverte et reproductible.
Source : Pariente N, Cadwallader L, Editors on behalf of the PBS. Formalizing our commitment to code sharing. PLOS Biol. 26 févr 2026;24(2):e3003678. doi:10.1371/journal.pbio.3003678
