Protocols.io est une plateforme de création et de partage de protocoles de recherche. Depuis juillet 2023, elle appartient à l’éditeur commercial Springer Nature.
Cette plateforme est née du besoin de partage des protocoles de recherche promu par le mouvement de la Science Ouverte, ainsi que du besoin de transparence et de reproductibilité de la recherche. Elle permet :
- l’accès à de nombreux protocoles disponibles publiquement,
- la création, la gestion et le partage de protocoles.
La plateforme fonctionne sur un modèle Freemium : les utilisateurs peuvent l’utiliser gratuitement, mais des fonctionnalités supplémentaires sont disponibles sur abonnement payant (nombre illimité de protocoles privés, espaces de travail sécurisés, assistance technique dédiée…). Avec un compte gratuit, le nombre de protocoles privés est limité à 2, mais le nombre de protocoles publics est illimité.
La plateforme propose plusieurs fonctionnalités permettant de :
- créer des espaces de travail collaboratifs pour stocker et organiser ses protocoles et fichiers associés, et les partager avec ses collègues.
- créer directement son protocole en ligne : décrire finement chaque étape, associer tous types de documents, ajouter des liens, des références… La version payante propose par ailleurs une fonctionnalité basée sur l’intelligence artificielle permettant de transformer ses anciens protocoles (aux formats txt, word, pdf…) en protocoles éditables.
- publier son protocole afin qu’un DOI lui soit attribué et qu’il devienne un produit de recherche citable. Un protocole publié ne peut plus être modifié mais une nouvelle version peut être publiée à tout moment, pour ajouter par exemple des informations supplémentaires ou des corrections.
La plateforme offre plusieurs fonctionnalités pour permettre aux autres scientifiques d’interagir avec les protocoles publiés. Par exemple :
- ajouter des commentaires,
- indiquer que le protocole a été testé et qu’il fonctionne (bouton « works for me »),
- « forker » un protocole : créer une copie personnelle éditable d’un protocole publié, que l’on peut modifier puis partager, tout en conservant le lien vers le protocole original pour le créditer.
- lancer un protocole (bouton « Run ») : il se présente alors sous la forme d’une « checklist » qu’il suffit de suivre pas à pas, en validant les différentes étapes au fur et à mesure.
Les protocoles publiés ne sont ni évalués par les pairs ni approuvés. En revanche, certains journaux comme BMC Methods ou PLOS ONE collaborent avec protocols.io et proposent aux scientifiques de reviewer leur protocole dans le cadre de la publication d’un Lab Protocol.
