Bio.tools est un catalogue ouvert de logiciels et bases de données en sciences de la vie permettant aux scientifiques de trouver, comprendre, utiliser et citer les ressources dont ils ont besoin dans leur travail quotidien.
Ce registre, initié en 2015 par ELIXIR, référence à ce jour plus de 28 000 ressources de différents types : des simples outils en ligne de commande aux applications Web, en passant par les bases de données et les workflows d’analyse complexes.
Après référencement par un contributeur, la ressource se voit attribuer un identifiant unique basé sur son nom, par exemple biotools:macsyfinder. Cet identifiant unique permet donc de citer facilement la ressource dans une publication, un protocole, etc.
Chaque ressource peut être annotée précisément selon une syntaxe et une sémantique rigoureuses :
- Le schéma de métadonnées biotoolsSchema définit les règles syntaxiques et les vocabulaires contrôlés pour 50 attributs clés.
- L’ontologie EDAM fournit un vocabulaire contrôlé pour décrire la fonction scientifique de chaque outil, y compris son domaine scientifique, les opérations spécifiques qu’il effectue, les types de données d’entrée et de sortie, et les formats de données pris en charge.
Les métadonnées décrivant les ressources sont accessibles publiquement sous licence CC-BY et le code source de bio.tools est disponible en Open Source sous licence GPL-3.0.
Le registre bio.tools suit donc les principes FAIR et offre ainsi une grande visibilité aux outils qui y sont référencés. Il peut être utilisé par les scientifiques :
- pour valoriser leur logiciel ou leur base de données auprès de la communauté scientifique ;
- comme source pour trouver des ressources à réutiliser.
Pour aller plus loin : Ison, J., Ienasescu, H., Chmura, P. et al. The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences. Genome Biol 20, 164 (2019). https://doi.org/10.1186/s13059-019-1772-6
