Nous vous parlions en décembre dernier de la publication d'un rapport préalable au développement d'un catalogue des logiciels développés dans les laboratoires de recherche français. Mi-avril, le collège « Codes sources et logiciels » du comité pour la science ouverte a annoncé que ce catalogue existe désormais, en version bêta. Le portail de ce catalogue… Lire la suite Lancement d’un nouveau catalogue pour mettre en lumière les logiciels libres développés dans la recherche académique
Catégorie : Gestion et partage des données et des logiciels
Bonnes pratiques de gestion des données en bioimagerie : un guide très complet est disponible
Si vous générez des données de bioimagerie et que vous avez besoin de conseils pour mieux les gérer, vous pouvez désormais vous appuyer sur un guide très complet : le guide des bonnes pratiques pour la gestion des données de la recherche en BioImagerie. Ce guide a été conçu par un groupe de travail du… Lire la suite Bonnes pratiques de gestion des données en bioimagerie : un guide très complet est disponible
Reproductibilité computationnelle : une formation sur 3 jours pour apprendre à ouvrir, documenter et exécuter
Nous vous parlions il y a quelques semaines des actions que les auteurs du préprint "CODE beyond FAIR" invitent à mettre en place pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche : ouvrir, documenter, exécuter, collaborer. Vous pouvez désormais apprendre concrètement comment faire, en vous inscrivant à la formation sur la reproductibilité computationnelle qui… Lire la suite Reproductibilité computationnelle : une formation sur 3 jours pour apprendre à ouvrir, documenter et exécuter
Ouvrir, documenter, exécuter, collaborer : des propositions d’actions pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche
Les principes FAIR ont été imaginés en premier lieu pour les données de la recherche. Plusieurs tentatives d'adaptation aux logiciels de recherche ont ensuite été proposées (nous vous en parlions par exemple ici et ici). Cependant, selon les auteurs du préprint "CODE beyond FAIR" déposé dans HAL en février 2025, ces tentatives ne prennent pas… Lire la suite Ouvrir, documenter, exécuter, collaborer : des propositions d’actions pour améliorer les pratiques autour des logiciels de recherche
Analyse de la littérature scientifique sur les notebooks : des usages variés mais une reproductibilité limitée
Nous vous présentions précédemment les notebooks (ou documents computationnels), dont l'utilisation est censée améliorer la reproductibilité de la recherche. Mais est-ce vraiment le cas ? Et plus globalement, quelles sont les pratiques actuelles autour des notebooks ? C'est ce que les auteurs de l'article Notebook and Open science : toward more FAIR play publié en… Lire la suite Analyse de la littérature scientifique sur les notebooks : des usages variés mais une reproductibilité limitée
Déposer des données dans un entrepôt, que doit-on anticiper ? L’exemple de GEO
En décembre dernier, la chercheuse Isabelle Stévant a publié un article intitulé "Chronique d'une soumission de données à GEO" sur le blog participatif de bioinformatique francophone, Bioinfo-fr.net. Cet article illustre étape par étape le processus de dépôt de données de séquençage haut débit dans l'entrepôt Gene Expression Omnibus (GEO). Au-delà de son utilité directe pour… Lire la suite Déposer des données dans un entrepôt, que doit-on anticiper ? L’exemple de GEO
Perspectives pour un catalogue national des logiciels de recherche : s’appuyer sur l’existant et automatiser au maximum
Le collège « Codes sources et logiciels » du comité pour la science ouverte (CoSO) a publié récemment sur HAL un rapport intitulé "Vers un catalogue des logiciels de la recherche : état des lieux et analyse des besoins". Ce rapport constitue une base de travail pour élaborer des préconisations de déploiement d’un catalogue des… Lire la suite Perspectives pour un catalogue national des logiciels de recherche : s’appuyer sur l’existant et automatiser au maximum
Une histoire de rétractation, ou comment l’open data a permis de détecter des anomalies dans des données
Kate Laskowski, chercheuse en écologie comportementale à l'UC Davis, était invitée à la conférence 2024 de la Society for Open, Reliable, and Transparent Ecology and Evolutionary Biology (SORTEE) pour raconter le processus qui l'a menée à rétracter trois articles. Son intervention vidéo intitulée What to do when you don’t trust your data anymore est très… Lire la suite Une histoire de rétractation, ou comment l’open data a permis de détecter des anomalies dans des données
Résultats de l’enquête sur les pratiques des scientifiques en matière de publication de data papers : une forme de publication encore peu utilisée
En 2023, l’équipe de Recherche Data Gouv a mené une enquête pour mieux connaître les pratiques des scientifiques en matière de publication de data papers (on vous expliquait ce que c’est ici). Ils en présentent aujourd'hui les résultats dans un rapport mis à disposition sur HAL. Le jeu de données associé est quant à lui… Lire la suite Résultats de l’enquête sur les pratiques des scientifiques en matière de publication de data papers : une forme de publication encore peu utilisée
Petite histoire du logiciel AlphaFold3 ou comment l’absence de code ouvert conduit à refaire ce qui existe déjà
[Mise à jour le 15 novembre 2014 : le code d'AlphaFold3 est désormais accessible sur GitHub sous licence CC BY-NC-SA 4.0. Les poids du modèle sont quant à eux accessibles sur demande. Voir les commentaires sur les sites de Science et Nature] Le 8 mai 2024, un article publié dans Nature présente la troisième version… Lire la suite Petite histoire du logiciel AlphaFold3 ou comment l’absence de code ouvert conduit à refaire ce qui existe déjà