En novembre 2025, l’organisation ELIXIR publiait un rapport soulignant la contribution des logiciels et des workflows open source à l’innovation dans le domaine des sciences de la vie. Ce rapport comprend notamment une analyse qualitative basée sur quinze entretiens avec des représentants d’entreprises de bioinformatique.
Les personnes interrogées mentionnent plusieurs raisons pour lesquelles une entreprise peut se tourner vers les outils open source :
- Progrès rapides à moindre coût : l’utilisation d’outils open source permet de réduire le temps et les coûts de développement, et donc de se concentrer sur sur la valeur ajoutée du produit ou la qualité des services.
- Confiance et crédibilité : l’utilisation de logiciels open source validés par la communauté peut renforcer la confiance des clients.
- Engagement communautaire : les logiciels open source bénéficient de l’expertise collective de communautés mondiales et d’évolutions continues. Cet environnement collaboratif permet d’accélérer les capacités et la fiabilité des logiciels, et donc l’innovation.
- Visibilité auprès de potentiels clients : lorsque les entreprises contribuent à des outils open source, elles entrent en contact direct avec des communautés établies. Cette participation proactive accroît leur visibilité et les met en relation avec des utilisateurs et des clients potentiels.
- Transparence sur la manière dont le code, les données et les modèles de machine learning sont traités et exécutés. Le suivi public, les discussions communautaires et la maintenance collaborative des modifications renforcent la reproductibilité et la fiabilité des résultats.
- Engagement de l’entreprise : certaines entreprises intègrent la science ouverte et le développement open source à leur mission et à leurs valeurs.
Toutes les entreprises n’ont pas le même niveau d’engagement envers l’open source. Les entretiens ont permis d’identifier trois approches différentes :
– Certaines entreprises placent l’open source au cœur de leur modèle économique. Elles développent et contribuent activement à des projets open source et tirent souvent leurs revenus de la fourniture de services spécialisés, de conseils ou d’une assistance personnalisée à leurs clients. Leur principale motivation est d’établir une relation de confiance avec leurs clients et la communauté scientifique au sens large. Leur engagement en faveur de l’open source est clairement mis en avant dans leur stratégie de marque et commerciale.
– Certaines entreprises intègrent des composants open source dans leurs produits et services, sans ouvrir complètement leurs solutions. Elles utilisent et contribuent à l’open source pour améliorer et étendre leurs solutions, mais conservent la propriété exclusive de leurs innovations clés. Cette approche offre une certaine flexibilité permettant par exemple de remplacer des composants open source par des alternatives propriétaires, ou d’adopter progressivement un modèle davantage orienté vers l’open source. Ces entreprises ne mettent pas publiquement en avant leurs contributions open source dans leur stratégie commerciale.
– Certaines entreprises utilisent simplement des bibliothèques et des outils open source pour améliorer les fonctionnalités de leurs solutions propriétaires. Elles n’ouvrent pas le code source de leurs solutions et contribuent rarement à la communauté open source. L’utilisation d’outils open source n’est pas mise en avant publiquement dans leur stratégie commerciale.
Source : Sousoni, D., Anton, M., Smith, A., Shahid, M., Adungo, L., & Rothe, H. (2025). Open source software and workflows: a driving force for innovation in life sciences. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.17570133
